Характеристика на теста:
Микрочиповите технологии се използват за търсене на големи хромозомни дисбаланси като анеуплоидии и небалансирани хромозомни преустройства в рамките на целия човешки геном. Тя предлага допълнителни възможности за разкриване на субмикроскопски аберации или промени в броя на копията (CNV), които са твърде малки, за да се видят при стандартен G-лентов хромозомен препарат. Тези субмикроскопски дисбаланси се наричат още микроделеции и микродупликации, оформящи синдромни комплекси, когато включват специфични геномни региони, свързани с клинични фенотипове. Микрочиповият анализ има допълнителна диагностична стойност, т.е. поставя диагноза в 12-15% от случаите с нормален кариотип.
Основни характеристики на клиничния фенотип:
В пренаталната диагностика микрочиповият анализ, със или без кариотипиране, е метод на избор за откриване на големи хромозомни дисбаланси като анеуплоидии и небалансирани хромозомни преустройства. Той предлага допълнителни възможности за разкриване на субмикроскопски дисбаланси или промени в броя на копията (CNV), които са твърде малки, за да се видят при стандартен G-лентов хромозомен препарат. Тези субмикроскопски дисбаланси се наричат още микроделеции и микродупликации, оформящи синдромни комплекси, когато включват специфични геномни региони, свързани с клинични фенотипове. Микрочиповият анализ има допълнителна диагностична стойност, т.е. поставя диагноза в 12-15% от случаите с нормален кариотип.
Големи мета-анализи при бременни жени показват, че синдромни геномни аберации се срещат в 0.4-2% от фетусите. При наличие на структурни фетални аномалии, установени с ултразвуково изследване, хромозомни аберации се откриват в 2-18% от случаите на изолирана аномалия и в 13-35% от случаите на множествени аномалии, като микрочиповият анализ значително подобрява тяхната диагностика.
При спонтанни аборти, честотата на хромозомни аберации е около 50%.
Основание за насочване:
Микрочиповият анализ в пренатални условия е показан при следните случаи:
множествени фетални малформации и нормален резултат от бързия тест за хромозомни анеуплоидии;
нухална транслуценция (NT) ≥3.5 mm;
наличие на хромозомна транслокация или маркерна хромозома, установени при кариотипиране;
интраутеринна фетална ретардация или фетална смърт;
повишен риск от биохимичен скрининг
наличие на хромозомна аберация при предишна бременност
фамилна история за специфично генетично заболяване
Интерпретиране на резултатите:
Установяването на патогенни микроделеции и/или дупликации, чрез този метод ще позволи откриването на причината за наблюдаваните абнормални ултразвукови находки, отклонения от биохимичен скрининг, както и ще спомогне за поставянето на генетична диагноза.
В резултата се включват дупликации с клинично значение, по- големи от 1000 Kb и делеции с не по-малък размер от 500 Kb, засягащи гени с функционално значение. Анализът открива и непатогенни вариации в броя на копията (copy number variations, CNVs), които са описани в базата-данни Database of Genomic Variants (http://dgv.tcag.ca/dgv/app/home?ref=GRCh37/hg19)
Методът не може да открива ниски нива на мозаицизъм, епигенетични промени, балансирани хромозомни преустройства (инверсии и транслокации), малки инсерции/делеции и точкови мутации, както и вариации в броя на копията с резолюция по-ниска от възможностите на използваната платформа и микрочип; трудности при детекцията на полиплоидия.
Генетичният консултант ще интерпретира и отговори на всички въпроси относно резултата Ви.
Метод: Микрочипов анализ / сравнителна геномна хибридизация (array CGH) с чип SurePrint G3 Unrestricted CGH 4x44K, ISCA v2
Методът включва скрининг на целия геном в рамките на един експеримент за търсене на микроделеционни/дупликационни промени, засягащи една или няколко хромозоми. С платформата 4x44K могат да се установят геномни аберации с размер 150 Kbp.
SurePrint G3 Unrestricted CGH 4x44K, ISCA v2: платформата съдържа имобилизирани 44 000 60-мерни олигонуклеотидни проби, като гъстотата на пробите е 25 Кb (по-голяма в районите с Ref Seq гени) с по- голямо покритие в районите, съдържащи известни гени, промоторни и теломерни райони.
Чувствителност на метода: 95%; зависи от качеството на материала и изолираната ДНК
Какво включва тестът?
Изолиране на ДНК от пренатална проба (хорионни въси, амниотични клетки, плодна част, пъпна връв, плацентарни въси) и съхраняване на пробата.
Микрочипов анализ / сравнителна геномна хибридизация (array CGH).
Софтуерна обработка на микрочипа и анализ на данните. За всеки пациент се анализират данните за специфични геномни региони, свързани с известни до този момент хромозомни заболявания, както и в съответствие с насочващата диагноза.
Оформяне на писмен резултат от генетичния тест.
Диагностична интерпретация на резултатите и генетично консултиране.
Биологичен материал: хорионни въси, амниотични клетки, плодна част, пъпна връв, плацентарни въси или ДНК
