Характеристика на теста:
Микрочиповите технологии се използват за търсене на големи хромозомни дисбаланси като анеуплоидии и небалансирани хромозомни преустройства в рамките на целия човешки геном. Тя предлага допълнителни възможности за разкриване на субмикроскопски аберации или промени в броя на копията (CNV), които са твърде малки, за да се видят при стандартен G-лентов хромозомен препарат. Тези субмикроскопски дисбаланси се наричат още микроделеции и микродупликации, оформящи синдромни комплекси, когато включват специфични геномни региони, свързани с клинични фенотипове. Микрочиповият анализ има допълнителна диагностична стойност, т.е. поставя диагноза в 12-15% от случаите с нормален кариотип.
Основни характеристики на клиничния фенотип:
Делеции и дупликации на хромозомни сегменти, известни още като промени в броя копия (Copy Number Variations - CNVs) са една от генетичните причини за вродени заболявания в развитието на централна нервна система с комплексно унаследяване. През последните години се откриха десетки нови микроделеционни / дупликационни синдроми. Тези заболявания засягат както нервна система (епилепсия, забавяне в невропсихологическото развитие, интелектуален дефицит, структурни мозъчни аномалии), така и други органи и системи– например сърдечно – съдова, пикочо-полова, опорно-двигателна системи и други. Примери за микроделеционни / дупликационни синдроми са 15q11-q13 делецията, асоциирана със синдроми на Angelman и Prader-Willi, делеции и дупликации в район 22q11, свързани с велокардиофациален синдром, DiGeorge синдром и 22q11.21 дупликационен синдром, 7q11 делеция, асоциирана с Williams-Beuren синдром и други. Болшинството от микроделеционните / дупликационни синдроми са с припокриващи се клинични черти и не могат да бъдат разграничени само на базата на общи фенотипни характеристики. Чрез микрочиповите технологии се прилага подходът „първо генотип“, след което тези заболявания се дефинират на базата на откритите и асоциирани с тях CNVs и така се дава възможност за по-точна и бърза диагноза при засегнатите пациенти.
Основание за насочване:
Пациенти с неясно забавяне в развитието, нарушения във функционирането на нервната система, интелектуален дефицит, изоставане в невропсихологическото развитие, вродени аномалии, засягащи един или няколко органи и/или системи, както и дисморфизми (общи и лицеви).
Интерпретиране на резултатите:
Установяването на патогенни микроделеции и/или дупликации чрез този метод ще позволи откриването на причината за изявата на неясни синдромни състояния, засягащи една или няколкото системи, както и ще спомогне за поставянето на генетична диагноза.
В резултата се включват дупликации с клинично значение, по- големи от 150 Kb, както и делеции с по-малък размер, засягащи гени с функционално значение. Анализът открива и непатогенни вариации в броя на копията (copy number variations, CNVs), които са описани в базата-данни Database of Genomic Variants (http://dgv.tcag.ca/dgv/app/ home?ref=GRCh37/hg19)
Методът не може да открива ниски нива на мозаицизъм, епигенетични промени, балансирани хромозомни преустройства (инверсии и транслокации), малки инсерции/делеции и точкови мутации, както и вариации в броя на копията с резолюция по-ниска от възможностите на използваната платформа и микрочип; трудности при детекцията на полиплоидия.
Генетичният консултант ще интерпретира и отговори на всички въпроси относно резултата Ви.
Метод: Микрочипов анализ / сравнителна геномна хибридизация (array CGH) с чип SurePrint G3 Unrestricted CGH 4x180K, ISCA v2
Методът включва скрининг на целия геном в рамките на един експеримент за търсене на микроделеционни / дупликационни промени, засягащи една или няколко хромозоми. В платформата 4x180K се анализира част от генома, покриваща приблизително 180 Кб ДНК, което прави метода по- високо резолютивен, в сравнение със стандартните цитогенетични техники.
SurePrint G3 Unrestricted CGH 4x180K, ISCA v2: платформата съдържа имобилизирани 180000 60-мерни олигонуклеотидни проби, като гъстотата на пробите е 13 Кb (11 Кб в районите с Ref Seq гени ) с по- голямо покритие в районите, съдържащи известни гени, промотерни и теломерни райони.
Чувствителност на метода: 99%
Какво включва тестът?
Изолиране на ДНК и съхраняване на пробата.
Микрочипов анализ / сравнителна геномна хибридизация (array CGH).
Софтуерна обработка на микрочипа и анализ на данните. За всеки пациент се анализират данните за специфични геномни региони, свързани с известни до този момент хромозомни заболявания, както и в съответствие с насочващата диагноза.
Оформяне на писмен резултат от генетичния тест.
Диагностична интерпретация на резултатите и генетично консултиране.
Биологичния материал: Венозна кръв или ДНК
За повече информация, моля прочете внимателно „Изисквания към биологичния материал и информация за транспортиране“.
