Тест 138.
Имунни заболявания
Основни характеристики на клиничния фенотип
Имунно-медиираните заболявания се характеризират с свръхчувствителност, автоимунни реакции, имунодефицити и неоплазия на имунната система. Всички те водят до нарушения на хомеостазата на имунната система.
Към имунните заболявания спадат и първичните имунодефицитни заболявания, които могат да доведат до хронични и понякога живото застрашаващи инфекции предизвикани от патогени с ниска вирулентност. Често се диагностицират в детството, но най-честото клинично значимо първично имунодефицитно заболяване е честият променлив имунодефицит CVID, който се проявява през второто и третото десетилетие от живота. До този момент над 450 първични имунодефицитни заболявания са описани като честотата им е силно варираща, но общата честота достига до 5-8:10 000. Те представляват генетично хетерогенна група заболявания и се подразделят на 9 различни категории: 1) комбинирани имунодефицити, 2) комбинирани имунодефицити със свързани или синдромни характеристики, 3) предимно дефицити на антитела, 4) заболявания водещи до имунна дисрегулация, 5) вродени дефекти на броя, функцията на фагоцитите или и двете, 6) дефекти във вродения имунитет, 7) автовъзпалителни нарушения, 8) дефицити на комплемента и 9) фенокопия на първичните имунодефицитни заболявания. Според друга класификация първичните имунодефицитни заболявания се разделят на такива с дефицити на антитела, дефекти във фагоцитите и заболявания на системата на комплемента. Дефицитите на антитела са най-честите първичните имунодефицитни заболявания.
Въпреки че тези заболявания са генетично хетерогенни, основните клинични симптоми са много сходни, което затруднява диагностицирането им. Изборът на терапия без да се знае генетичната причина за възникването на имунното заболяване е затруднено. Носителството на определени мутации в гени налагат бърза трансплантация на стволови клетки, за да се предотврати увреждане на органи, причинено от опортюнистични инфекции и да се избегне фатален изход, свързан с естествения ход на заболяването. Някои първични имунодефицитни заболявания изискват персонализирано проследяване и поддържащи грижи за подобряване на преживяемостта на засегнатите пациенти. Всички варианти в гени, водещи до костно мозъчна недостатъчност се свързват с тежка имунна супресия и за лечението на тези заболявания често се налага трансплантация на стволови клетки. Наблюдава се повишен риск от развитието на онкологични заболявания при почти всички имунодефицитни заболявания. Някои имунодефицити, като дефекти в пътя на комплемента, могат да се проявят в по-късна възраст като характерно за тях е че се наблюдава необичаен отговор на организма при инфекция от обичайни патогени.
Прецизното диагностициране на имунно-свързаните заболявания може да доведе до намиране на подходящо лечение, водещо до подобряване качеството на живот на пациента и възможности за по-добро контролиране на болестта.
Гените включени в анализирания панел за имунни заболявания се асоциират със заболяванията изброени по-долу, но и много други:
· Първични дефицити на антитела и CVID
· Тежки комбинирани имунодефицити
· Комбинирани имунодефицити и други Т-клетъчни дефекти
· Хипер-IgE синдром и диференциални диагнози
· Синдроми с дефицити на адаптивния имунитет
· Заболявания свързани с дефекти в системата на комплемента
· Неутропения
· Хронична грануломатозна болест (CGD)
· Фагоцитни дефицити
· Хронична мукокутанна кандидоза и чувствителност към други гъбични инфекции
· Предразположение към микобактериални инфекции
· Предразположение към вирусни инфекции
· Дефекти в TLR сигналния път
· Дефекти в NFκB сигналния път
· Дефекти в интерферон тип I сигналния път
· Периодични синдроми с треска и с/без уртикария
· Възпаление с основни симптоми на съединителната и поддържащата тъкан
· Имунна дисрегулация с колит, много ранно начало
· Хемофагоцитна лимфохистиоцитоза
· Анормална лимфопролиферация
· Дефекти на регулаторните Т-клетки и IPEX-подобни фенотипове
· Интерферонопатия тип 1
· Синдроми с имунна дисрегулация
Основание за насочване:
Ø Наличие на имунно заболяване, за което се предполага генетична основа
Ø Поставена диагноза или наличие на родственици с наследствени имунни заболявания
Метод: Новогенерационно секвениране (NovaSeq6000, Illumina).
Методът включва двупосочно ДНК секвениране на всички кодиращи екзони и интрон-екзонни граници на прицелните гени. Лабораторията предлага Сангер-секвениране на единичен екзон или двойка екзони при родственици на пациента за определяне на носителския статус в случаите, когато мутацията е известна (Тест №182).
Чувствителност на метода: зависи от съдържанието на GC и АТ, както и от наличието на сегментно дуплицирани гени.
Какво включва тестът?
· Изолиране на ДНК и съхраняване на пробата.
· Новогенерационно секвениране.
· Биоинформатичен анализ на секвенционните данни. За всеки пациент се анализират само данните за гена(ите) от интерес.
· Оформяне на писмен резултат от генетичния тест.
· Диагностична интерпретация на резултатите и генетично консултиране.
Биологичния материал: Венозна кръв, хорионни въси, абортивен материал или ДНК
За повече информация, моля прочете внимателно „Изисквания към биологичния материал и информация за транспортиране“.
ABCB7, ABCG5, ABCG8, ACAN, ACD, ACP5, ACT1, ACTB, ACTG1, ACTN1, ADA, ADA2, ADAM17, ADAMTS13, ADAMTS3, ADAR, ADGRE2, ADIPOQ, ADIPOR1, ADIPOR2, AICDA, AIRE, AK2, AK7, ALAS2, ALG6, ALPI, ALPK1, ANGPT1, ANKRD11, ANKRD26, ANKZF1, ANO6, AP1S3, AP3B1, AP3D1, APOA1, APOA2, APOL1, ARHGEF1, ARMC4, ARPC1B, ASAH1, ATM, ATP6AP1, ATR, ATRX, B2M, BACH2, BCL10, BCL11B, BCO1, BLM, BLNK, BLOC1S3, BLOC1S6, BRAF, BRCA1, BRCA2, BRIP1, BTK, C11ORF70, C15ORF41, C17ORF62, C1QA, C1QB, C1QBP, C1QC, C1R, C1S, C2, C21ORF59, C2orf69, C3, C3AR1, C4A, C4B, C4BPA, C4BPB, C5, C5#, C5AR1, C5AR2, C6, C7, C8A, C8B, C8G, C9, CARD11, CARD14, CARD8, CARD9, CARMIL2, CASP10, CASP8, CAVIN1, CBL, CCBE1, CCDC103, CCDC114, CCDC151, CCDC39, CCDC40, CCDC65, CCN6, CCNK, CCNO, CD19, CD247, CD27, CD3D, CD3E, CD3G, CD4, CD40, CD40LG, CD46, CD48, CD55, CD59, CD70, CD79A, CD79B, CD81, CD8A, CD93, CDAN1, CDC42, CDCA7, CDK9, CDKN2A, CEBPA, CEBPE, CECR1, CENPF, CEP164, CFAP298, CFAP300, CFB, CFD, CFH, CFH*, CFHR1, CFHR2, CFHR3, CFHR4, CFHR5, CFI, CFP, CFTR, CHD7, CHEK2, CHUK, CIB1, CIITA, CLCN7, CLEC7A, CLPB, CLU, COG6, COL7A1, COLEC11, COPA, COPG1, CORO1A, CPT2, CR2, CREBBP, CRP, CSF2RA, CSF2RB, CSF3R, CTC1, CTLA4, CTNNBL1, CTPS1, CTSC, CXCR2, CXCR4, CYBA, CYBB, CYBC1, CYCS, CYP27A1, DBR1, DCLRE1B, DCLRE1C, DDX11, DDX41, DDX58, DEF6, DGAT1, DGKE, DHFR, DIAPH1, DKC1, DNAAF1, DNAAF11, DNAAF2, DNAAF3, DNAAF4, DNAAF5, DNAAF6, DNAH1, DNAH11, DNAH5, DNAH8, DNAH9, DNAI1, DNAI2, DNAJB13, DNAJC21, DNAL1, DNASE1, DNASE1L3, DNASE2, DNMT3B, DOCK2, DOCK8, DRC1, DSG1, DTNBP1, DUOX2, DYX1C1, EFL1, EGFR, EIF2AK3, ELANE, EP300, EPCAM, EPG5, EPO, ERBB2IP, ERBIN, ERCC2, ERCC3, ERCC4, ERCC6L2, ETV6, EXTL3, F11, F12, F13A1, F13B, F5, F7, F8, F9, FAAP100, FAAP24, FADD, FANCA, FANCB, FANCC, FANCD2, FANCE, FANCF, FANCG, FANCI, FANCL, FANCM, FAS, FASLG, FAT4, FCGR3A, FCHO1, FCN1, FCN2, FCN3, FERMT1, FERMT3, FGA, FGB, FGG, FLG, FLI1, FLNA, FNIP1, FOXI3, FOXN1, FOXP3, FPR1, FYB, G6PC, G6PC1, G6PC3, G6PD, GAS2L2, GAS8, GATA1, GATA2, GBA, GFI1, GFI1B, GINS1, GLRX5, GNE, GP1BA, GP1BB, GP6, GP9, GTF2E2, GTF2H5, GUCY2C, HAVCR2, HAX1, HELLS, HMOX1, HNRNPK, HOXA11, HPS1, HPS3, HPS4, HPS5, HPS6, HRAS, HSPA1L, HSPA9, HTR1A, HTRA2, HYDIN, HYOU1, ICOS, ICOSLG, IFIH1, IFNAR1, IFNAR2, IFNG, IFNGR1, IFNGR2, IGHM, IGKC, IGLL1, IKBKB, IKBKG, IKZF1, IL10, IL10RA, IL10RB, IL12B, IL12RB1, IL12RB2, IL17F, IL17RA, IL17RC, IL18BP, IL1RN, IL2, IL21, IL21R, IL23R, IL2RA, IL2RB, IL2RG, IL36RN, IL6R, IL6ST, IL7, IL7R, INO80, INSR, INVS, IRAK1, IRAK4, IRF2BP2, IRF3, IRF4, IRF7, IRF8, IRF9, ISG15, ITCH, ITGA2, ITGA2B, ITGAM, ITGB2, ITGB3, ITK, JAGN1, JAK1, JAK2, JAK3, KAT6A, KDM1A, KDM6A, KIF23, KIT, KLF1, KLHDC8B, KMT2A, KMT2D, KRAS, LACC1, LAMTOR2, LARS2, LAT, LCK, LCP2, LCT, LIG1, LIG4, LIPA, LPIN2, LRBA, LRRC56, LRRC6, LRRC8A, LYN, LYST, LZTR1, MAD2L2, MAGT1, MALT1, MAN2B1, MANBA, MAP2K1, MAP2K2, MAP3K14, MAP3K8, MAPK8, MASP1, MASP2, MASTL, MAT2A, MAT2A*, MBD4, MBL2, MC2R, MCIDAS, MCM10, MCM4, MECOM, MEFV, MKL1, MLH1, MLPH, MOGS, MPL, MPLKIP, MPO, MRAS, MRE11, MRE11A, MRTFA, MS4A1, MSH2, MSH6, MSN, MTHFD1, MTR, MVK, MYD88, MYH9, MYO5A, MYO5B, MYSM1, NAF1, NBAS, NBEAL2, NBN, NCF1, NCF2, NCF4, NCKAP1L, NCSTN, NDUFB11, NEIL3, NEUROG3, NF1, NFAT5, NFE2L2, NFIL3, NFKB1, NFKB2, NFKBIA, NHEJ1, NHP2, NKX2-5, NLRC4, NLRP1, NLRP12, NLRP3, NME8, NOD2, NOP10, NOS2, NOTCH2, NPAT, NRAS, NSMCE2, NSMCE3, NTRK1, NUP214, OAS1, OBFC1, ODAD1, ODAD2, OFD1, ORAI1, OSTM1, OTUD6B, OTULIN, P2RY12, PALB2, PARN, PAX1, PAX5, PCCA, PCCB, PEPD, PGM3, PI4KA, PIGA, PIH1D3, PIK3CD, PIK3CG, PIK3R1, PLA2G4A, PLCG2, PLEKHM1, PLG, PLVAP, PMM2, PMS2, PNLIP, PNP, POLA1, POLD1, POLD2, POLE, POLE2, POLR3A, POLR3C, POLR3E, POLR3F, POMP, POT1, PPP1CB, PRF1, PRG4, PRKACG, PRKCD, PRKDC, PROC, PROS1, PSEN1, PSENEN, PSMA3, PSMB10, PSMB4, PSMB8, PSMB9, PSMG2, PSTPIP1, PTEN, PTPN11, PTPRC, PTRF, PTX3, PUS1, RAB27A, RAC2, RAD50, RAD51, RAD51C, RAF1, RAG1, RAG2, RANBP2, RAP1A, RAP1B, RASA2, RASGRP1, RASGRP2, RBCK1, RBM8A, RC3H1, RECQL4, REL, RELA, RELB, RFWD3, RFX5, RFXANK, RFXAP, RHOH, RIPK1, RIT1, RLTPR, RMRP, RNASEH2A, RNASEH2B, RNASEH2C, RNF113A, RNF168, RNF31, RNU4ATAC, RNU7-1, RORC, RPGR, RPL10, RPL11, RPL15, RPL18, RPL19, RPL23, RPL26, RPL27, RPL31, RPL35, RPL35A, RPL36, RPL5, RPL9, RPS10, RPS14, RPS15, RPS15A, RPS17, RPS19, RPS24, RPS26, RPS27, RPS27A, RPS28, RPS29, RPS7, RPSA, RRAS, RSPH1, RSPH3, RSPH4A, RSPH9, RTEL1, RUNX1, SAMD9, SAMD9L, SAMHD1, SAR1B, SBDS, SBF2, SCO2, SEC23B, SEC61A1, SEMA3E, SERPING1, SGPL1, SH2D1A, SH3BP2, SH3KBP1, SHOC2, SI, SIAE, SKIV2L, SLC10A2, SLC19A2, SLC25A38, SLC26A3, SLC29A3, SLC35A1, SLC35C1, SLC37A4, SLC39A4, SLC39A7, SLC46A1, SLC51B, SLC5A1, SLC7A7, SLC9A3, SLFN14, SLX4, SMARCAL1, SMARCD2, SNORA31, SNX10, SOCS1, SOS1, SOS2, SP110, SPAG1, SPINK5, SPINT2, SPPL2A, SPRED1, SRC, SRP54, SRP72, STAT1, STAT2, STAT3, STAT4, STAT5B, STIM1, STING1, STK36, STK4, STN1, STX11, STX3, STXBP2, STXBP3, TAFAZZIN, TAOK2, TAP1, TAP2, TAPBP, TASP1, TAZ, TBK1, TBX1, TBX2, TBX21, TBXA2R, TCF3, TCIRG1, TCN2, TERC, TERF2, TERF2IP, TERT, TET2, TFRC, TGFB1, TGFBR1, TGFBR2, THBD, THPO, THRA, THRB, TICAM1, TIMM50, TINF2, TIRAP, TLR3, TLR4, TLR7, TMC6, TMC8, TMEM173, TMPRSS15, TNFAIP3, TNFRSF11A, TNFRSF13B, TNFRSF13C, TNFRSF1A, TNFRSF4, TNFRSF6B, TNFRSF9, TNFSF11, TNFSF12, TONSL, TOP2B, TP53, TP63, TPP1, TPP2, TRAC, TRADD, TRAF3, TRAF3IP2, TREX1, TRIF, TRIM22, TRNT1, TSR2, TTC37, TTC7A, TUBB1, TYK2, UBA1, UBE2T, UNC1, UNC119, UNC13D, UNC45A, UNC93B1, UNG, USB1, USP18, VAV1, VIPAS39, VPS13B, VPS33B, VPS45, VSIG4, VTN, WAS, WDR1, WIPF1, WNT2B, WRAP53, XIAP, XK, XRCC2, YARS2, ZAP70, ZBTB24, ZCCHC8, ZMYND10, ZNF341
