Генен панел (включва 7 гена)

EGFR (OMIM #131550) - 7p11.2; TP53 (OMIM #191170) - 17p13.1; CDKN2A (OMIM #600160) - 9p21.3, PTEN (OMIM #601728) - 10q23.31; PDGFRA (OMIM #173490) - 4q12; NFKBIA (OMIM #164008) - 14q13.2 и CDK4-MIR26A2-MDM2 -12q14-q15

Основни характеристики на клиничния фенотип

Глиоми (олигоастроцитоми, глиобластоми, олигодендроглиоми; OMIM  # 137800) – това са тумори, които произлизат от глиалните клетки – вид помощни клетки, разположени между невроните на мозъка и осигуряват тяхното нормално функциониране. Те могат да бъдат с различна степен на злокачественост. Някои видове астроцитоми се приемат за доброкачествени, докато глиобластомите (ГБМ) са най-разпространените злокачествени, резистентни на лечение тумори с ниска степен на преживяемост.

Интегративен подход анализиращ общите генетични изменения в генома на ГБМ установи, че три основни сигнални пътя (пътища EGFR/RAS/NF1/PTEN/PIK3CA, p16INK4a/CDK4/Rb1 и TP53/MDM2/MDM4/p14ARF) са засегнати в по-голямата част от първичните ГБМ. По литературни данни част от участниците в тях имат значима роля в туморогенезата на глиомите ( седемдесет и четири процента от ГБМ имат увреждания и в трите сигнални пътя), като някои се свързват с прогнозата и по-добрия терапевтичен отговор.

Големите асоциативни проучвания разкриват, че общата честота на генетични изменения в EGFR/RAS/NF1/PTEN/PI3K пътя при ГБМ е 88%, 45% от които се дължат на аберации в ЕGFR, а 36% на тези в PTEN. Приблизително една трета от ГБМ с EGFR генна амплификация притежава и специфичната EGFR делеция наречена вариант III (EGFR vIII). Наличието на EGFRvIII се свързва с по-лоша прогноза в сравнение с пациентите притежаващи див тип EGFR ген. EGFR е най-често амплифицирания онкоген в астроцитните тумори, наблюдаван е при 50-60% от пациентите с малигнена глиома. Амплификация на гена EGFR е една от отличителните черти на първичните ГБМ, наблюдавана при 63% от тях, 10% от вторичните и едва в няколко анапластични астроцитоми.

Някои автори установяват, че свръхекспресирането на дивия тип EGFR е независим прогностичен показател за ниска преживяемост. В първичните ГБМ, които обикновено засягат по-възрастни пациенти, свръхекспресията на EGFR се срещат в комбинация с делеции/мутации на гена PTEN. Загубата на хетерозиготност на хромозома 10q е най-често наблюдаваната геномна промяна, както при първичните, така и при вторични ГБМ и се свързва с наличието на лоша прогноза.

ТР53 участва в няколко клетъчни процеси, включително клетъчния цикъл, клетъчна смърт, клетъчна диференциация, неоваскуларизация и др. Мутации в гена TP53 се откриват при 35% от глиомите и все още има данни, че наличието им в два кодона, 248 и 273, се свързват с благоприятна прогноза при ГБМ.

p16INK4a/CDK4/RB1 пътя е един от важните пътища, както за първични, така и за вторични ГБМ, като общата честота на генетични промени при първични ГБМ е 78%, 52% от които се дължат на p16INK4a хомозиготни делеция или мутации, 47% на p15INK4b хомозиготна делеция, 18% на CDK4 амплификация.

В литературата при около 30% от глиомите са били открити мутации и свръхекспресия на гена PDGFRA водещи до обособяването на група мозъчни тумори характеризиращи се с уникален експресионен профил, свързан с промени в PDGFR сигналния път, по ранна възраст на заболеваемост, сравнително удължена продължителност на живот, но не в резултат от провеждената терапия. Амплификацията на PDGFRA се открива в 15% от всички тумори притежаващи нарушение в този ген, а 40% притежават интрагенна делеции. Точковите мутации в PDGFRA са свързани с амплифицирането на гена, но за разлика от тези в EGFR, се наблюдава по-рядко. Честотата на PDGFRA генната амплификация се увеличава с нарастване туморния стадии и се асоциира с по-лоша преживяемост при анапластичните глиоми и глиобластомите с de novo мутация в IDH1 гена.

Основание за насочване/ Клинично значение:

• Идентифициране на пациенти с първични ГБМ, които имат по-добър шанс за повлияване от химиотерапия. Амплификация на гена EGFR е една от отличителните черти на първичните ГБМ.

• Идентифициране на пациенти с глиоми, които се характеризират с експресионен профил свързан с промени в PDGFR сигналния път. Тази група се отличава с по ранна възраст на заболеваемост, сравнително удължена продължителност на живот, но не в резултат от провеждената терапия.

• Прогностични и предиктивни маркери при пациенти с анапластичните глиоми и първични ГБМ.

• Персонализиране на терапията за пациентите. Избор на терапия според резултатите от генетичния тест.

Интерпретиране на резултатите:

• Наличието на молекулярни промени, като амплификация на гена EGFR, загуба на гените PTEN и CDKN2A, се очертават като значима характеристика на туморите с агресивно поведение, по-лоша прогноза и кратък или липса на отговор към прилаганата химиотерапия.

• ГБМ често експресират EGFRvIII, конститутивно активнен белтък характеризиращ се с делеция на екзони от 2 до 7 на гена на EGFR. Наличието на EGFRvIII се свързва с по-лоша прогноза в сравнение с пациентите притежаващи див тип EGFR ген. Ко-експресията на EGFRvIII и PTEN значително се асоциират с клиничен отговор към EGFR тирозинкиназни инхибитори.

• Честотата на PDGFRA генната амплификация се увеличава с нарастване туморния стадии и се асоциира с по-лоша преживяемост при анапластичните глиоми и глиобластомите с de novo мутация в IDH1 гена.

• Генетичният консултант ще интерпретира и отговори на всички въпроси относно резултата Ви.

Метод: MLPA (Мултиплексна лигазно-зависима амплификация).

MLPA е полуколичествен метод за определяне на брой копия от ДНК. Методиката се използва за откриване на вътрегенни или цялостногенни делеции или дупликации. Анализът за търсене на големи делеции/дупликации EGFR, TP53, CDKN2A, PTEN,  PDGFRA, NFKBIA и CDK4-MIR26A2-MDM2 се извършва с помощта на наборът SALSA MLPA P105 Glioma-2 на MRC-Holland (Amsterdam, Holland).

Чувствителност на метода: 90%

Какво включва тестът?

·         Изолиране на ДНК и съхраняване на пробата.

·         MLPA за откриване на делеции/дупликации, които засягат гените EGFR, TP53, CDKN2A, PTEN, PDGFRA, NFKBIA и CDK4-MIR26A2-MDM2.

·         Оформяне на писмен резултат от генетичния тест.

·         Диагностична интерпретация на резултатите и генетично консултиране.

Биологичния материал: Венозна кръв или ДНК

За повече информация, моля прочете внимателно „Изисквания към биологичния материал и информация за транспортиране“.