Характеристика на теста:
Микрочиповите технологии се използват за търсене на големи хромозомни дисбаланси като анеуплоидии и небалансирани хромозомни преустройства в рамките на целия човешки геном. Тя предлага допълнителни възможности за разкриване на субмикроскопски аберации или промени в броя на копията (CNV), които са твърде малки, за да се видят при стандартен G-лентов хромозомен препарат. Тези субмикроскопски дисбаланси се наричат още микроделеции и микродупликации, оформящи синдромни комплекси, когато включват специфични геномни региони, свързани с клинични фенотипове. Микрочиповият анализ има допълнителна диагностична стойност, т.е. поставя диагноза в 12-15% от случаите с нормален кариотип.
Основание за насочване:
Лабораторията по геномна диагностика предлага извършване на микрочипов анализ с реактиви, осигурени от Министерство на Здравеопазването. Съгласно Наредба 26, влязла в сила 14 юни 2007 г. и допълнена 30 Декември 2015 г., микрочипов анализ с осигурени реактиви от МЗ може да бъде извършен в следните случаи:
Показания за извършване на микрочипова пренатална геномна диагностика: бременни жени с ултразвукови находки или изчислен висок риск от раждане на дете с генетична болест, а именно:
Нухална транслуценция (NT) ≥3.5mm и повишен риск за синдром на Даун и други анеуплоидии, като сидром на Патау, Едуардс, Клайнфелтер и други.
Наличие на структурни фетални аномалии, установени с ултразвуково изследване, например - спина бифида, аненцефалия, лисенцефалия, тежък дефект на коремната стена, както и засягане на други органи и системи
Интраутеринна фетална ретардация или фетална смърт;
Множество повтарящи се аборти;
Повишен риск от биохимичен скрининг за развитие на генетично заболяване;
Наличие на хромозомна транслокация или маркерна хромозома, установени при кариотипиране
Показания за извършване на микрочипова постнатална геномна диагностика: извършване на изследвания на деца и възрастни (при необходимост на родственици) при клинични данни и съмнение за генетична болест или предразположеност, а именно:
Наличие на необяснимо изоставане в невропсихологическото развитие и/или интелектуален дефицит
Други неврологични и невропсихологични проблеми – аутистични стигми, поведенчески проблеми, задръжка в развитието на речта, моторни нарушения и др.
Вродени аномалии и малформации, засягащи различни органи и системи – сърдечно-съдова (вродени сърдечни дефекти), отделителна (бъбречни аномалии), нервна (агенезия на корпус калозум, микро-/макроцефалия), опорно-двигателна (ставни и костни аномалии, мускулна хипотония и др.), храносмилателна системи и др.
Наличие на лицеви дисморфизми (цепки на устната и небцето, страбизъм, хипер-/хипотелоризъм, птоза, къс филтрум, про-/микрогнатия, ниско разположени ушни миди и др.)
Носителство на генетичен дефект у родителите и повишен риск от унаследяване
Интерпретиране на резултатите:
Установяването на големи делеции и дупликации, чрез този метод, в зависимост от използваната платформа, ще позволи откриването на патогенни копийни варианти, които са причина за:
наблюдавани ултразвукови находки и отклонения от биохимичен скрининг.
специфични невро-психични отклонения (епилептични пристъпи, ИД, моторни и поведенчески нарушения) с или без общи или лицеви дисморфизми.
неясни синдромни състояния, засягащи една или няколко системи.
Всичко това ще спомогне за поставянето на генетична диагноза.
В резултата се включват:
дупликации с клинично значение, по- големи от 1000 Kb и делеции с не по-малък размер от 500 Kb, засягащи гени с функционално значение при използване на микрочипова платформа с резолюция 4x44K.
дупликации с клинично значение, по- големи от 150 Kb, както и делеции с по-малък размер, засягащи гени с функционално значение при използване на микрочипови платформи с резолюция 4x180K, 2x400K и 1x1M.
Анализът открива и непатогенни вариации в броя на копията (copy number variations, CNVs), които са описани в базата-данни Database of Genomic Variants (http://dgv.tcag.ca/dgv/app/ home?ref=GRCh37/hg19)
Методът не може да открива ниски нива на мозаицизъм, епигенетични промени, балансирани хромозомни преустройства (инверсии и транслокации), малки инсерции/делеции и точкови мутации, както и вариации в броя на копията с резолюция по-ниска от възможностите на използваната платформа и микрочип; трудности при детекцията на полиплоидия.
Генетичният консултант ще интерпретира и отговори на всички въпроси относно резултата Ви.
Метод: Микрочипов анализ / сравнителна геномна хибридизация (array CGH)
Пренатална диагностика:
ArrayCGH Микрочипов анализ (Микрочип-базирана сравнителна геномна хибридизация) с микрочип SurePrint G3 Unrestricted CGH 4x44K, ISCA v2. Методът включва скрининг на целия геном в рамките на един експеримент за търсене на микроделеционни/дупликационни промени, засягащи една или няколко хромозоми. С платформата 4x44K могат да се установят геномни аберации с размер 150 Kbp.
SurePrint G3 Unrestricted CGH 4x44K, ISCA v2: платформата съдържа имобилизирани 44000 60-мерни олигонуклеотидни проби, като гъстотата на пробите е 25 Кb (по- голяма в районите с Ref Seq гени) с по- голямо покритие в районите, съдържащи известни гени, промоторни и теломерни райони.
Постнатална диагностика:
ArrayCGH Микрочипов анализ (Сравнителна геномна хибридизация) с чип SurePrint G3 Unrestricted CGH 4x180K, ISCA v2. Методът включва скрининг на целия геном в рамките на един експеримент за търсене на микроделеционни/дупликационни промени, засягащи една или няколко хромозоми. В платформата 4x180K се анализира част от генома, покриваща приблизително 180 Кб ДНК, което прави метода по-високо резолютивен, в сравнение със стандартните цитогенетични техники.
SurePrint G3 Unrestricted CGH 4x180K, ISCA v2: платформата съдържа имобилизирани 180 000 60-мерни олигонуклеотидни проби, като гъстотата на пробите е 13 Кb (11 Кб в районите с Ref Seq гени ) с по- голямо покритие в районите, съдържащи известни гени, промотерни и теломерни райони.
Лабораторията предлага и потвърдителен анализ/сегрегация на аберации, открити чрез микрочипов анализ в случаите, когато делеции/дупликации пренареждания са разположени в известни геномни райони (Тест № 133).
В случай, че настоящия тест не доведе до откриване на големи делеции/дуплицации, а клиничния фенотип и нови медицински изследвания предполагат наличие на микроделеционни/дупликационни райони, препоръчваме провеждане на микрочипов анализ по заявка на клиента - с чип SurePrint G3 Unrestricted CGH 2x400К или 1x1M (Тест № 145, 146).
В случай, че настоящия тест не доведе до изясняване на генетичните причини на заболяването, препоръчваме провеждане на новогенерационно секвениране и анализ за мутации на панел от гени, свързани със заболяването (Тест № 152, 153, 154).
Какво включва тестът?
Изолиране на ДНК от пренатална (хорионни въси, амниотични клетки, плодна част, пъпна връв, плацентарни въси) или постнатална проба (кръв) и съхраняване на пробата.
Микрочипов анализ / сравнителна геномна хибридизация (array CGH).
Софтуерна обработка на микрочипа и анализ на данните. За всеки пациент се анализират данните за специфични геномни региони, свързани с известни до този момент хромозомни заболявания, както и в съответствие с насочващата диагноза.
Оформяне на писмен резултат от генетичния тест.
Диагностична интерпретация на резултатите и генетично консултиране.
Биологичен материал: хорионни въси, амниотични клетки, плодна част, пъпна връв, плацентарни въси, кръв или ДНК
За повече информация, моля прочете внимателно „Изисквания към биологичния материал и информация за транспортиране“.
