Характеристика на теста:

Микрочиповите технологии се използват за търсене на големи хромозомни дисбаланси като анеуплоидии и небалансирани хромозомни преустройства в рамките на целия човешки геном. Тя предлага допълнителни възможности за разкриване на субмикроскопски аберации или промени в броя на копията (CNV), които са твърде малки, за да се видят при стандартен G-лентов хромозомен препарат. Тези субмикроскопски дисбаланси се наричат още микроделеции и микродупликации, оформящи синдромни комплекси, когато включват специфични геномни региони, свързани с клинични фенотипове. Микрочиповият анализ има допълнителна диагностична стойност, т.е. поставя диагноза в 12-15% от случаите с нормален кариотип.

Основни характеристики на клиничния фенотип:

Делеции и дупликации на хромозомни сегменти, известни още като промени в броя копия (Copy Number Variations - CNVs) са една от генетичните причини за вродени заболявания в развитието на централна нервна система с комплексно унаследяване. Наблюдава се висока коморбидност на заболявания като епилепсия, аутизъм, изоставане в нервно-психическото развитие (НПР), интелектуален дефицит (ИД). Например, 70% от пациентите с аутизъм развиват също и ИД. Аутистични стигми имат между 15-35% от децата с епилепсия и обратно - епилепсия се наблюдава при до 46% от пациентите с аутизъм, като е по - често наблюдавана при такива с коморбиден ИД. При около 20% от случаите на ИД се наблюдават и епилептични пристъпи. Микроделеции/дупликации стоят в основата на патогенезата на някои невропсихиатрични фенотипи като ИД/забавяне в развитието, аутизъм, епилепсия и шизофрения. Например, делеции в 16p11.2, както и дупликации в 16p13.3 и 15q11q13 райони са асоциирани, както с аутизъм, така и с епилепсия. Епилепсията, аутизма и интелектуалния дефицит са коморбидни симптоми на синдрома на Даун и други комплексни микроделеционни/дупликационни синдроми. Чрез микрочиповите технологии се прилага подходът „първо генотип“, след което тези заболявания се дефинират на базата на откритите и асоциирани с тях CNVs и така се дава възможност за по-точна и бърза диагноза при засегнатите пациенти. 

Основание за насочване: 

Пациенти с неясно забавяне в развитието, нарушения във функционирането на нервната система, интелектуален дефицит, изоставане в невропсихологическото развитие, както и дисморфизми (общи и лицеви).

Интерпретиране на резултатите:

• Установяването на големи делеции и дупликации, чрез този метод ще позволи откриването на патогенни копийни варианти, които да са причина за специфични  невро-психични отклонения (епилептични пристъпи, ИД, моторни и поведенчески нарушения) с или без общи или лицеви дисморфизми, както и ще спомогне за поставянето на генетична диагноза.

• В резултата се включват дупликации с клинично значение, по- големи от 150 Kb, както и делеции с по-малък размер, засягащи гени с функционално значение. Анализът открива и непатогенни вариации в броя на копията (copy number variations, CNVs), които са описани в базата-данни Database of Genomic Variants (http://dgv.tcag.ca/dgv/app/ home?ref=GRCh37/hg19)

• Методът не може да открива ниски нива на мозаицизъм, епигенетични промени, балансирани хромозомни преустройства (инверсии и транслокации), малки инсерции/делеции и точкови мутации, както и вариации в броя на копията с резолюция по-ниска от възможностите на използваната платформа и микрочип; трудности при детекцията на полиплоидия. 

• Генетичният консултант ще интерпретира и отговори на всички въпроси относно резултата Ви.

Метод: Микрочипов анализ / сравнителна геномна хибридизация (array CGH) с чип SurePrint G3 Unrestricted CGH 4x180K, ISCA v2

Методът включва скрининг на целия геном в рамките на един експеримент за търсене на микроделеционни/дупликационни промени, засягащи една или няколко хромозоми. В платформата 4x180K се анализира част от генома, покриваща приблизително 180 Кб ДНК, което прави метода по- високо резолютивен, в сравнение със стандартните цитогенетични техники. 

SurePrint G3 Unrestricted CGH 4x180K, ISCA v2: платформата съдържа имобилизирани 180 000 60-мерни олигонуклеотидни проби, като гъстотата на пробите е 13 Кb (11 Кб в районите с Ref Seq гени ) с по- голямо покритие в районите, съдържащи известни гени, промотерни и теломерни райони.

Чувствителност на метода: 99%

Какво включва тестът? 

• Изолиране на ДНК и съхраняване на пробата.

• Микрочипов анализ / сравнителна геномна хибридизация (array CGH).

• Софтуерна обработка на микрочипа и анализ на данните. За всеки пациент се анализират данните за специфични геномни региони, свързани с известни до този момент хромозомни заболявания, както и в съответствие с насочващата диагноза.

• Оформяне на писмен резултат от генетичния тест.

• Диагностична интерпретация на резултатите и генетично консултиране.

Биологичния материал: Венозна кръв или ДНК

За повече информация, моля прочете внимателно „Изисквания към биологичния материал и информация за транспортиране“.