Установяване на дефицит на хомоложна рекомбинация (HRD)
Характеристика на теста: (включва анализ за мутации в 500 гена и определяне на микросателитна и геномна нестабилност)
Цялостното геномно профилиране (CGP) при онколгични заболявания чрез анализ на множество биомаркери, изследване за дефицит в хомоложна рекомбинация (HRD) посредством откриване на мутации в 46 гена вземащи участие в хомоложната рекомбинация, включително BRCA гените и оценка на геномна нестабилност (GIM) и микросателитната нестабилност (MSI).
Основни характеристики на клиничния фенотип:
Отличителните белези на туморните клетки са геномната нестабилност и дефекти в механизмите за ДНК поправка. Един от пътищата за ДНК поправка е чрез възстановяване на двойноверини скъсвания на ДНК чрез хомоложна рекомбинация (HRD). Дефицит на хомоложна рекомбинация (HRD) е установен при рак на гърдата, яйчника, фалопиевите тръби, перитонеума, простата, енометриума и панкреаса.
Тумори, които са с дефицит в хомоложната рекомбинация са по-чувствителни към индуцирани терапии на основта на платина и инхибитори на поли(аденозин дифосфат [ADP]–рибоза) полимераза (PARPi). Дефицитът на хомоложна рекомбинация е предсказващ биомаркер основно за лечение с PARPi при рак на яйчниците.
Гени участващи хомоложната рекомбинация и определящи HRD фенотип на туморните клетки са:
BRCA1, BRCA2, ATM, BARD1, BRIP1, CDK12, CHEK1, CHEK2, FANCL, PALB2, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAD54L, ABRAXAS1, ATR, BAP1, BLM, FANCA, FANCC, FANCD2, FANCE, FANCF, FANCG, FANCI, FANCM, MRE11, NBN, PARP1, PARP2, PARP3, POLD1, POLE, PPP2R2A, PTEN, RAD50, RAD51, RAD52, RNASEH2A, RNASEH2B, RNASEH2C, RPA1, SLX4, XRCC2, XRCC3 и TP53.
Основание на насочване/Клинично значение:
Изследвания за герминативни мутации в BRCA1/2 се препоръчват на всички пациенти с потвърден от патолог карцином на яйчника, фалопиевите тръби или перитонеума, панкреаса и простатата. При BRCA1/2 негативен резултат статуса на хомоложна рекомбинация може да предоставя информация за ползата от терапия с PARP инхибитор.
Получените резултати позволяват да се направи оценка на генетичния риск при носителство на герминативна/соматична мутация и е препоръчително да се извърши непосредствено, след като диагнозата бъде потвърдена от патолог след биопсия или хирургична операция.
Интерпретиране на резултатите:
При BRCA1/2 негативен резултат статуса геномната нестабилност и загубата на хетерозиготност трябва да се имат предвид, т.к. може да предоставят информация за ползата от терапия с платина и PARP инхибитор.
При установена герминативна (наследсвена) мутация в ген, свързан с хомоложната рекомбинация се препоръчва изследване на близките родствени от първа линия (родители, братя, сестри и деца над 18 годишна възраст) и оценка на риска за развитието на онкологично заболяване (Тестове №182 и 183).
Метод: Секвениране от следващо поколение (NGS).
Методът включва двупосочно ДНК секвениране на всички кодиращи екзони и интрон-екзонни граници на прицелните гени и оценка за микросателитна и геномна нестабилност.
Чувствителност на метода: зависи от съдържанието на GC и АТ, от наличието на сегментно дуплицирани гени и от качесвото на фиксирането на туморната проба в парафина.
Какво включва тестът?
Хистологична оценка и определяне на процената туморна тъкан от патолог.
Изолиране на ДНК и съхраняване на пробата.
Паралелно секвениране на прицелните гени.
Биоинформатичен анализ на секвенционните данни.
Оформяне на писмен резултат от генетичния тест.
Диагностична интерпретация на резултатите и генетично консултиране.
Биологичния материал: Туморна тъкан фиксирана в парафин
За повече информация, моля прочете внимателно „Изисквания към биологичния
материал и информация за транспортиране“.
